Одной из трудных задач военных действий явилась организация фронтовых и армейских тылов. Наличие основной магистрали и большого количества ответвлений дало возможность назначить фронтам распорядительные станции и выделить для базирования тылов фронтов необходимое количество железнодорожных участков: Забайкальскому фронту – 12, 2 – му Дальневосточному – 9 и 1 – му Дальневосточному – 8. Это позволило наметить дорожные участки армиям 1 – го и 2 – го Дальневосточных фронтов и 36 – й армии Забайкальского фронта.

Фронтовыми распорядительными станциями являлись: ст. Борзя с отделением на ст. Баин – Тумэн (для Забайкальского фронта), ст. Свободный с отделением в Хабаровске (для 2 – го Дальневосточного фронта) и станции Губерово и Ворошилов (Уссурийск) с отделением на ст. Манзовка (для 1 – го Дальневосточного фронта).

Армии Забайкальского фронта, которым предстояло начать наступление с территории Монгольской Народной Республики (39, 53, 17, 6 – я гвардейская танковая армии и конно – механизированная группа), самостоятельных железнодорожных участков не имели. Для обеспечения этих войск могла быть использована узколинейная железная дорога Чойбалсан – Тамцак – Булак.

В феврале 1943г. из Хабаровска взяла путь на запад 46 – я особого резерва железнодорожная колонна НКПС. Было в ней 35 паровозов, более 40 теплушек, в которых располагались 40 с лишним бригад по 30 человек в каждой. Колонна шла помогать фронту. Возглавлял ее начальник Хабаровского паровозного отделения П.С. Стельмаченко, заместителем его был А.П. Мишустин. Колонна проделала огромную работу за годы войны и завершила свой военно – трудовой путь на железных дорогах Маньчжурии.

О том, сколько довелось испытать дальневосточным железнодорожникам во время вражеских атак, свидетельствует следующий героический эпизод. На участке Белгород – Валуйки бригада машиниста Алексея Федотова вела санитарный поезд. Враг с воздуха атаковал состав. Одна из бомб угодила в вагон с ранеными бойцами, вагон загорелся. Федотов остановил поезд на кривом участке пути, отцепил горящий вагон и угнал его на расстояние, безопасное для других вагонов. Паровозная бригада под бомбами и обстрелом спасала раненых и тушила пожар. При этом беспримерную храбрость проявили кондуктор И.И. Ефимов, кочегар Самсонов, погибший при спасении раненых, и машинист Федотов, получивший тяжелые ожоги. За проявленное мужество и храбрость при выполнении задания военного командирования кондуктору И.И. Ефимову было посмертно присвоено звание Героя Социалистического Труда, а машинист Федотов награжден орденом Ленина.

За проявленный героизм многие бойцы колонны № 46 были представлены к высоким боевым наградам. Машинист Мальцев был награжден орденом Трудового Красного Знамени, Стельмаченко – орденом Красной Звезды, наряду с другими военными наградами. Но много боевых товариществ из колонны № 46 не вернулись с фронтовых поездок. На боевом посту погибли 22 дальневосточника, 118 получили ранения. Не вернулся с войны замечательный парень, хабаровский машинист Вася Вожейко, работавший до войны в хабаровском паровозном депо.

В сентябре 1943г. на ст. Ворошилов – Уссурийский было сформировано военно – эксплуатационное отделение (ВЭО) № 34 во главе с начальником подполковником Орловым. ВЭО – 34 обслуживало освобожденные от врага железнодорожные участки в Брянской области и Белоруссии. За успешное выполнение заданий по пропуску воинских эшелонов в сложных условиях, командующий Вторым Белорусским фронтом маршал К.К. Рокоссовский объявил личному составу ВЭО – 34 благодарность.

15 июля 1945г. на ст. “Кузнецовский” произошла смычка рельсового пути западного и восточного участков (Комсомольск – Ванино). Новая железнодорожная магистраль с огромной пользой поработала на Советскую армию во время боевых операций в августе 1945г., которые велись на Южном Сахалине и Курильских островах. 31 декабря 1946г. правительственная комиссия приняла линию и она была передана в эксплуатацию МПС.

В январе 1945г. ВЭО – 34 вернулось на свою родную станцию, а затем бригада отделения работала на железнодорожных линиях Дальнего Востока во время войны с Японией. На ст. Хабаровск – 28 апреля 1944г. было сформировано ВЭО – 33. Начальником его был Г.Т. Яротко. Это отделение выполняло воинские перевозки во время Белорусской, Висло – Орденской и Берлинской операций, эксплуатировало и восстанавливало железнодорожные узлы в Прибалтике, затем в Польше, а победу встретили в Берлине. Маршал Г.К. Жуков в книге “Воспоминания и размышления”, описывая Берлинскую операцию, выделил особо труд железнодорожников, среди которых были и работники ВЭО – 33.

15 апреля 1943г. на всех железных дорогах СССР было введено военное положение. Для рабочих и служащих железнодорожного транспорта стал обязательным воинский и дисциплинарный устав, были введены воинские звания, просуществовавшие до 1953г. Таким образом, работа на железнодорожном предприятии приравнивалась по ответственности к службе в армии.